Non lontato dalla costa di Palermo si trova Ustica, chiamata così da Ustum = bruciata, infatti l'isola non è altro che la punta di un vulcano ormai spento. Per i Greci  era Osteodes = "ossario o isola delle ossa", per i resti umani di una deportazione cartaginese di soldati mercenari, ammutinati che qui trovarono la morte per fame e sete. Oppure, secondo quanto si narra in  mitologia, le ossa degli sventurati naviganti che rimanevano incantati dall’ammaliante voce delle sirene, il cui canto melodioso faceva perdere il senno agli incauti naviganti, che finivano per schiantarsi contro le rocce frastagliate. Il primo insediamento umano risale all'era Paleolitica; importanti scavi hanno messo in luce un interessante villaggio paleocristiano. Sepolture, sistemi di cunicoli, cisterne scavate nel tufo e una moltitudine di reperti archeologici ritrovati in vari punti dell'isola e sott'acqua - a testimonianza di numerosi naufragi avvenuti in questo mare - confermano che il luogo fu abitato dagli antichi popoli del Mediterraneo.
Ustica fu un punto strategico per i traffici ed i commerci, infatti qui passarono i Fenici, i Greci, i Cartaginesi e i Romani che nell'isola lasciarono vestigia un pò dappertutto. In seguito fu luogo delle scorrerie saracene che l'usavano per nascondere le loro navi e quindi attaccare di sorpresa i naviganti. A scongiurare il pericolo saraceno non ci riuscirono né i Normanni né gli Spagnoli che ne subirono le violenze. Solo al tempo di Ferdinando IV Re delle due Sicilie, dopo che nell'ennesima scorreria turca furono trucidati tutti i colonizzatori, mandati dal Re dalle Eolie e da Trapani, il Viceré di Sicilia decise di innalzare una serie di fortificazioni intorno all'isola che consentissero ai coloni di poter lavorare tranquillamente. Quindi furono costruite le cisterne per l'acqua piovana e le case che andarono poi a costituire il centro abitato principale, intorno alla Cala Santa Maria.
I Borboni edificarono due torri di guardia (oggi sedi del museo archeologico l'una e della Riserva Marina l'altra), e nel 1759 un decreto imperiale di Ferdinando di Borbone impose una progressiva colonizzazione dell’isola da parte di volontari palermitani, trapanesi ed eolici, creando le premesse per lo sviluppo di una piccola e stabile comunità, che oggi conta oltre 1.300 abitanti.